筹建的加氢站除了储氢罐是国产，其余设备则是以进口为主，所以投入成本比国内其他加氢站还要高。

除了成本问题，加氢站的选址也是非常重要的一个因素，选址必须要考虑安全因素，和重要公共建筑保持一定的安全距离。

此外，政策制度不完善、审批难也是建设加氢站面临的非常头疼的事情。目前，国内一些地方为推进燃料电池汽车的发展，出台了一些地方文件来规定加氢站主管部门，但作为地方标准，这些文件没有统一性，在一些地方，企业甚至不知道该去找哪个部门去审批，无法开展工作。审批工作已经成为加氢站建设面临最大的问题，大大制约了加氢站的发展。

目前，中国建设加氢站所需关键零部件没有量产的成熟产品，导致加氢站的建设成本过高，投入回报率低，尚未具备经济效益和竞争力，推行难度比较大。