氢燃料电池的主要结构包括电极、隔膜与集电器等。电极和一般电池一样，也分为阳极和阴级。隔膜的主要作用是把氧化剂和还原剂隔开。集电器主要起到收集电流和疏导反应气体等作用。

主要包括燃料电池堆和氢喷系统、供氧系统、冷却系统和相关管路组成

燃料电池PAFC的结构最为典型，主要由四部分组成，分别是呈多孔状态、涂有催化剂的阳极、阴极、隔离电极的离子导电电解质、集流体。单电池产生的电压很低，所以需要把电池串联成电池堆来提高电压。燃料电池整装机组由电池组、重整器与热交换器、直流-交流转换装置、监控器一起构成。