燃料电池主控制器（FCU）是燃料电池发动机系统的控制“大脑”，主要实现对燃料电池系统的在线检测、实时控制及故障诊断，确保系统稳定可靠工作，燃料电池主控制器功能包括气路管理，水热管理，电气管理，通信功能和故障诊断等。反应气体的压力、湿度、电堆内部湿度及温度等操作条件直接影响电堆的性能和寿命。
海亿新能掌握全套核心技术的并完全自主开发的燃料电池主控制器能对这些物理量进行智能控制与实时监测，并保证燃料电池系统正常工作，提高燃料电池工作的稳定性。并通过面向耐久性的燃料电池控制策略提升燃料电池的性能与寿命。
气路管理：实现对燃料电池系统所需的氢气和空气的湿度，流量，压力和温度等进行合理精准控制。
水热管理：实现对冷却水路的循环，加温，散热以及空气和冷却水温度进行控制调节，提高燃料电池系统的功率以及运行的可靠稳定性。
电气管理：实现燃料电池系统电堆电压和电流的检测，调节输出功率，并将燃料电压控制在合理区间，消耗关机残留电量，电压电流的保护控制等。
数据通信：实现与其他系统进行通讯，实现重要数据信息和控制的交互。
故障诊断：实现对气路，水热，电气，通信，系统各个方面进行故障诊断，警告，报警和保护等功能。
海亿新能采用车规量产级标准硬件，为客户提供专业燃料电池主控制器FCU控制策略快速开发、接口硬件配置、系统标定、测试验证、样车调试等功能。